A pesar de que los más conocidos son los murciélagos, en la parte más profunda de las cuevas habita una fauna muy vulnerable, denominada troglobia, adaptada a la oscuridad, una elevada humedad y limitados recursos nutricionales. Lo más sorprendente de estos animales es el alto grado de coincidencia de caracteres anatómicos, fisiológicos y de comportamiento, que presentan especies de distintos grupos zoológicos y de diversas regiones del planeta. Este fenómeno es debido a una respuesta de los organismos a similares y fuertes presiones selectivas de un hábitat extremo, extenso y adverso, como las cuevas.

Desde un punto de vista morfológico, los caracteres troglobios más frecuentes son la reducción o pérdida de los ojos y de las alas, el adelgazamiento y despigmentación de la cutícula exterior, el alargamiento del cuerpo y de los apéndices y la multiplicación y mejora de órganos sensitivos táctiles y químicos.

Fisiológicamente suelen presentar una tasa metabólica muy reducida, con nutrición muy variada y resistencia al ayuno. Cuando se reproducen, los huevos son pequeños, escasos y de lento desarrollo embrionario, mientras que los ejemplares adultos suelen ser muy longevos.

En cuanto a su comportamiento, estos animales suelen llevar una vida pausada y de escasa agresividad, con ausencia de ritmos diarios y anuales y frecuentes períodos de letargo.

La fauna troglobia de una cueva suele contar con especies endémicas, es decir, exclusivas de la cueva, que representan un recurso de gran valor científico, no solo desde el punto de vista de biodiversidad, sino también como fuente de sustancias biológicas con potencial uso, por ejemplo, en medicina.

En la Cueva de Nerja ha sido identificada una variada fauna de artrópodos, semejante a la descrita en otros ecosistemas cavernícolas terrestres ibéricos e incluso europeos, formada por Crustáceos, Arácnidos, Miriápodos e Insectos. En ella se incluyen 4 especies troglobias, el coleóptero Platyderus speleaus, el ortóptero Petaloptila malacitana, el dipluro Plusiocampa baetica y el pseudoescorpión Ephippiochthonius nerjaensis, de las cuales, las dos últimas son endémicas de la cavidad nerjeña.


El medio ambiente de la Cueva de Nerja se caracteriza por la ausencia de luz natural, una temperatura constante y elevada humedad relativa. En base a estas condiciones climáticas se podría pensar que la cueva es un espacio deshabitado… pero nada más lejos de la realidad pues variadas y peculiares comunidades de seres vivos, de diversa complejidad y metabolismo, conviven en la cavidad. Las relaciones que se establecen entre los distintos grupos así como su relación con el medio condicionan la evolución y conservación de este frágil ecosistema y de la propia cueva, para la que los seres vivos constituyen un recurso de gran valor, desde un punto de vista científico, cultural y económico.

A nivel microbiológico, los organismos pueden acceder a las cuevas mediante sedimentación a través de fisuras o pequeños huecos en la roca o transportados por el agua de infiltración, las corrientes de aire u otros seres vivos. Con frecuencia, suelen encontrarse formando comunidades de diferente nivel de complejidad, conocidas como biofilms, que se adhieren al sustrato y se encuentran formadas por organismos de diverso metabolismo, agua y una matriz hidratada de sustancias poliméricas extracelulares que los protege frente a condiciones ambientales adversas. La Cueva de Nerja constituye el nicho ecológico de un amplio espectro de biofilms que suelen ser poco diversos, con una estructura sencilla y muy sensibles a cambios ambientales.

Bacterias y arqueas de metabolismo quimiolitotrofo suelen proliferar en primer lugar en las cuevas mientras que los microorganismos heterótrofos se desarrollan en zonas con disponibilidad de materia orgánica como excrementos de animales o sedimentos detríticos y los microorganismos fotótrofos colonizan, de forma exclusiva, zonas iluminadas. En cuevas habilitadas para la visita, como la Cueva de Nerja, la iluminación artificial permite el desarrollo de biofilms fotótrofos en el entorno de las lámparas de luz eléctrica, conocidos coloquialmente como mal verde de las cuevas o lampenflora. Los trabajos de investigación realizados con el objetivo de controlar su evolución identificaron a la cianobacteria Chroococcidiopsis sp. y al alga roja Cyanidium sp. como los fotótrofos más abundantes de la cavidad. Ambos organismos son muy resistentes y pueden sobrevivir bajo condiciones de estrés ambiental.